1 對土壤條件要求相對比較嚴(yán)格施入后，需要一個(gè)適應(yīng)、生長、供養(yǎng)、繁殖的過程，一般15天后可以發(fā)揮作用，見到效果，而且可長期均衡地供給作物營養(yǎng)。
2 適宜施用時(shí)間是清晨和傍晚或無雨陰天可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。
3 應(yīng)避免在高溫干旱條件下使用施用微生物肥料時(shí)要注意溫、濕度的變化，在高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會受到影響，不能充分發(fā)揮其作用。要結(jié)合蓋土澆水等措施，避免微生物肥料受陽光直射或因水分不足而難以發(fā)揮作用。
4 可單獨(dú)施用，也可以與其他肥料混合施用但微生物肥料應(yīng)避免與未腐熟的農(nóng)家肥混用。與未腐熟的農(nóng)家肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。同時(shí)也要注意避免與過酸、過堿的肥料混合使用。
5 避免與農(nóng)藥同時(shí)使用化學(xué)農(nóng)藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物，不能用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具盛放微生物肥料。
6 不宜久放拆包后要及時(shí)施用，因?yàn)榘b袋打開后，其它菌可能侵入，使微生物菌群發(fā)生改變，影響使用效果。
7 有效期內(nèi)使用由于微生物肥料是由活的微生物起決定作用，所以必須在有效期內(nèi)使用。
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