1）提高蔬菜產量。研究證明，微生物肥料提高蔬菜產量20%～40%，高的可達50%。但長期以來，一些農業(yè)科技人員把微生物肥料在生產中的應用效果或者效應同化學肥料的標準作比較，如可替代化肥中多少營養(yǎng)元素，如固氮菌替代多少氮素，    生物磷肥替代多少五氧化二磷，生物鉀肥替代多少氧化鉀。實際上微生物肥料的作用本質與化學肥料大相徑庭，二者不在一個層面上，所以用同一標準衡量它們的效應是不合理的，微生物肥料不是單一的化學元素的效應，而是綜合效應

2）提高蔬菜品質。使用微生物肥料可提高蔬菜的品質，微生物對蔬菜中的蛋白質、糖、維生素等成分的含量都有一定的改善，同時可減少硝酸鹽和重金屬的積累。

3）刺激蔬菜生長。許多用微生物肥料生產的微生物種類在生長繁殖的過程中產生對植物有益的代謝產物，如赤霉素、吲哚乙酸、細胞分裂素、維生素和氨基酸等植物生長調節(jié)劑刺激蔬菜生長。

4）提高抗病害作用。利于防病、抗病，有的微生物種類還能產生抗菌素類物質，有的則是由于在植物根區(qū)形成優(yōu)勢種群，使病原微生物難以生長繁殖而降低了作物病蟲害的發(fā)生。