土壤良好的物理性狀是保證植物生長(zhǎng)和維持土壤質(zhì)量的重要因素。土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)、容重和孔隙度是土壤物理性質(zhì)的重要組成部分，影響著土壤水、氣、熱的流通與貯存。隨設(shè)施栽培年限的延長(zhǎng)，土壤團(tuán)聚體穩(wěn)定性降低，大粒級(jí)團(tuán)聚體百分含量減少，通氣孔隙度降低，土壤板結(jié)，透水、透氣性變差。相關(guān)研究表明，施用生物有機(jī)肥能有效改善土壤的物理性質(zhì),提高土壤通透性和保水保肥能力。研究了不同水平生物有機(jī)肥對(duì)木薯地土壤的改良作用，結(jié)果表明，施用生物有機(jī)肥降低了木薯地土壤容重，增加了土壤孔隙度和田間持水量，土壤水分狀況與通氣狀況明顯好轉(zhuǎn)，有利于促進(jìn)木薯塊根發(fā)育、膨大。應(yīng)用多功能木霉菌肥處理連作黃瓜土壤，與對(duì)照相比，土壤容重降低9.9%，土壤孔隙度提高10.3%，說(shuō)明多功能木霉菌肥對(duì)改善連作土壤的物理性質(zhì)具有重要作用。將含有枯草芽孢桿菌、白地霉菌的生物有機(jī)肥施入菜地中，研究其對(duì)菜地土壤理化性質(zhì)的影響，結(jié)果表明，生物有機(jī)肥能有效改善土壤的容重、比重和總孔隙度等物理性質(zhì)，土壤緩沖能力和保持水土能力增強(qiáng)。

生物有機(jī)肥提高土壤物理性質(zhì)的作用機(jī)制可能與有機(jī)質(zhì)含量的增加有關(guān)。多項(xiàng)研究證實(shí),有機(jī)質(zhì)在改善土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu),提高土壤穩(wěn)定性方面發(fā)揮了重要作用。隨著有機(jī)質(zhì)含量的增加，土壤團(tuán)聚體的穩(wěn)定性顯著提高，粘粒的分散性顯著降低。生物有機(jī)肥本身就含有豐富的有機(jī)質(zhì)，并且生物有機(jī)肥施入土壤后還能進(jìn)一步提高土壤中的有機(jī)質(zhì)含量。有機(jī)質(zhì)經(jīng)微生物分解形成新的腐殖酸類膠體物質(zhì)，它與植物根系、土壤粘土及鈣離子通過(guò)物理和化學(xué)作用膠結(jié)，形成有機(jī)-無(wú)機(jī)復(fù)合體，促進(jìn)了土壤中水穩(wěn)性團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的形成，從而可以協(xié)調(diào)土壤水、肥、氣、熱等矛盾，使土壤疏松，耕性變好。