2.1.1有機肥的生產、使用及有關配套技術滯后 

傳統(tǒng)的農家肥積制費工費時，又臟又累，不符合當前省工高效的需求，所以越是在勞動力價值較高的發(fā)達地區(qū)越是受到農民的拋棄；在貧困地區(qū)，雖然勞動力價值較低，農民還愿意從事這類勞動，但由于經(jīng)營規(guī)模小，農民大多缺乏機械裝備，運輸和使用這些重量和體積巨大的有機肥（包括傳統(tǒng)的土雜肥、堆漚肥、沼氣肥）存在困難。隨著種植業(yè)、養(yǎng)養(yǎng)殖業(yè)的專業(yè)化、規(guī)�；�進程，一些地方的農民不再飼養(yǎng)畜禽。由于缺乏氮源，實施傳統(tǒng)的堆漚積肥難以進行，推廣沼氣也存在困難。大多數(shù)農民缺乏大型田間作業(yè)農業(yè)機械，秸稈利用技術特別是秸稈直接還田的病蟲害防治技術也還存在不足，妨礙了秸稈還田的普及。 綠肥經(jīng)濟價值不高，并需要一定的投入，有的還要占用作物的生長季，在有化肥充分供應的情況下，綠肥面積也就不斷減少。 

2.1.2農民使用的土地屬農村集體所有，雖然實行了長期承包，但農民大多對長期效用的培養(yǎng)沒有多大興趣，因而對培肥土地的積極性不高。有機肥除具備化肥那種給作物提供養(yǎng)分的功能外，還具備培肥土壤的功能，如果完全不考慮后者，那么對有機肥的投入在經(jīng)濟上很可能還不如化肥合算，這也就是農民重視化肥輕視有機肥的根本原因。 

2.1.3農業(yè)廢棄物的質量下降，是因為現(xiàn)在的有機肥存在一定的污染風險。如過去農村的生活垃圾幾乎不存在什么有害成分，可全部用作土肥。現(xiàn)在科技的發(fā)達，生活方式的改變，生活垃圾中的污染物金屬、玻璃、塑料等等越來越多，農村又缺乏分類收集的意識與條件，所以現(xiàn)在農業(yè)廢棄物幾乎完全被排除在有機肥之外；又如畜禽糞便，過去可直接使用在作物上，而現(xiàn)在大多飼料喂養(yǎng)牲畜，而配合飼料中配制有抗菌素及銅、砷等化合物，長期施用這種畜禽糞便有機肥，可能會污染土壤。